Chargé·e de Projet Scientifique en Modélisation Mathématique des Maladies Infectieuses H/F - Santé Publique France

La Direction des Maladies Infectieuses (DMI) de Santé publique France coordonne la surveillance nationale et l'alerte dans le champ des maladies infectieuses. Elle met en oeuvre ou organise le recueil de données sur plus de 50 maladies à partir d'une soixantaine de systèmes de surveillance, et restitue à partir de ces données des indicateurs accompagnés de leur interprétation, détecte des épidémies ou phénomènes inhabituels, et est amenée à émettre des alertes et recommandations pour leur gestion vers le Ministère en charge de la Santé. Elle réalise ou participe à des études épidémiologiques descriptives ou analytiques, des projets d'analyse de risque ou de modélisation de la dynamique de la transmission des maladies infectieuses. Dans le cadre du continuum des missions et de la programmation de Santé publique France, elle travaille en articulation étroite avec de nombreuses directions, notamment les Directions Appui, Traitement et Analyse des données (DATA), des Régions (DIRe), Prévention et promotion de la santé (DPPS), Systèmes d'information (DSI), Communication (DIRCOM) et Alerte et crises (DAC). Elle contribue à la surveillance européenne et aux études ou expertises conduites sous l'égide de l'ECDC.

La DMI est organisée en 4 unités (VHIT : VIH, Hépatites B et C, et IST; EAZ : Infections vectorielles, alimentaires et zoonoses; REV : Infections respiratoires et vaccination ; NOA : Infections associées aux soins et résistance aux antibiotiques) et une équipe de direction.

Missions :

La personne recrutée effectuera le développement, l'adaptation et la validation de modèles mathématiques et statistiques pour l'analyse des données épidémiologiques recueillies par Santé publique France ou ses partenaires dans le cadre de la surveillance des maladies infectieuses, notamment dans un objectif d'aide à la décision. Dans ce cadre, elle aura accès aux bases du Système National des Données de Santé (SNDS) et aux données issues des systèmes de surveillance de l'agence.

Activités :

Sous l'autorité de l'adjoint au Directeur, en lien avec les épidémiologistes de la DMI ou des autres directions de l'agence, la personne recrutée aura en charge les activitéssuivantes dans le champ de la modélisation mathématique des maladies infectieuses à transmission vectorielle:

- Développer et adapter des modèles mathématiques et statistiques pour mieux comprendre et décrire la dynamique des maladies à transmission vectorielle (MTV), en particulier les arboviroses. Différentes approches pourront être mobilisées; celles-ci pourront notamment inclure des modèles statistiques et des méthodes d'apprentissage automatique, permettant d'identifier les facteurs associés à la transmission, ainsi que des modèles mécanistes, décrivant explicitement les processus de transmission entre hôtes et vecteurs; des modèles spatio-temporels pourront également être développés afin de prendre en compte l'hétérogénéité environnementale, climatique et démographique;

- Développer et adapter des modèles épidémiologiques intégrant les données de séquençage génomique (notamment produites par le CNR) pour analyser les dynamiques de transmission aux échelles macro (flux entre territoires) et micro (foyers locaux, chaînes de contamination).

- Produire des prévisions à court et moyen terme (nowcasting et forecasting) à l'aide des modèles développés, en particulier en cas de forte pression d'importation ou lors d'épidémies sur le territoire (incluant l'outremer), afin d'anticiper le risque de diffusion épidémique. Ils s'appuieront sur une exploitation optimisée des données épidémiologiques disponibles pour améliorer les prévisions. L'objectif est d'exploiter les séries temporelles existantes afin de produire des projections robustes, en adaptant les méthodes aux spécificités des contextes locaux, dont les dynamiques peuvent différer sensiblement entre la France hexagonale et les territoires ultramarins.

- Initier ou de contribuer à des travaux de modélisation épidémiologique, en intégrant une approche One Health pour certains systèmes vectoriel (e.g. virus West Nile, Usutu,...) en collaboration avec les équipes de modélisation des principaux partenaires de Santé publique France. L'objectif sera de renforcer la compréhension des risques dans une démarche de surveillance intégrée et d'éclairer les stratégies de surveillance et de contrôle de ces maladies;

Consulter le sur le site internet de

- Niveau : Ingénieur de Recherche / Chercheur. Doctorat (épidémiologie des maladies infectieuses, physique ou mathématiques appliquées, statistiques, informatique appliquée à la santé).

- Diplôme :Formation en Modélisation mathématique des maladies infectieuses (Doctorat ou équivalent). Une expérience post-doctorale (post-doc) en recherche appliquée à la modélisation des dynamiques infectieuses, à l'analyse de données épidémiologiques, ou à la conception de modèles prédictifs serait appréciée. Une habilitation au SNDS serait appréciée.

- Expérience professionnelle de la modélisation mathématique et statistique appliquée à la surveillance des maladies infectieuses et la gestion des bases de données

Aptitudes et compétences :

- Bonnes qualités relationnelles

- Capacité à travailler en équipe multidisciplinaire

- Très grande rigueur

- Sens de l'organisation et de la méthode

- Bonne gestion du temps

- Capacités d'anticipation, d'initiative et de décision

- Capacités rédactionnelles

- Compétences dans les techniques de codage, modélisation et analyse de jeux de données volumineux et complexes

- Bon niveau de maîtrise des langages de programmation (R, Python...), de la gestion et partage de code (Git/GitHub) et de bases de données (SQL...) et logiciel de bureautique (Word, Excel, Outlook, Powerpoint)

- Capacité à se mobiliser en urgence

- Anglais: parlé et écrit couramment