Ingénieur d'Etudes en Bioinformatique H/F - INSERM-Délégation Régionale IDF Centre-Est

UMRS-1138
Centre de Recherche des Cordeliers

Equipe FunGeST dirigée par Pr Jessica ZUCMAN-ROSSI

A propos de la Structure :

Situé au coeur de Paris, le Centre de Recherche des Cordeliers (CRC) est un centre de recherche public d'excellence dans le domaine de la biologie et de la santé. Les projets multidisciplinaires menés au CRC sont dédiés à l'étude des mécanismes fondamentaux des maladies et au développement de nouvelles approches diagnostiques et thérapeutiques.
Le CRC, placé sous les tutelles de l'Inserm, de Sorbonne Université et d'Université Paris Cité, avec la participation du CNRS, réunit 13 équipes de recherche autour de 4 axes stratégiques, couvrant des thématiques majeures : cancérologie, immunologie, maladies métaboliques et grandes fonctions physiologiques de l'organisme. Le centre s'appuie également sur 5 plateformes technologiques, labellisées ISO 9001, et rassemble plus de 500 personnes engagées dans l'innovation scientifique et le transfert de découvertes vers la clinique.


Mission principale :

Le but du projet est de comprendre les interactions entre génétique et environnement dans le développement du cancer du foie, en particulier dans le cadre de l'exposition à l'alcool, en effectuant des analyses multi-omiques et multi-échelles d'une importante cohorte de carcinomes hépatocellulaires. Des données de whole genome sequencing, RNAseq, RRBS, single cell, transcriptomiques spatiale seront générées au laboratoire et analysée dans le cadre de ce projet.

Activités principales :

- Développer des outils bioinformatiques et d'analyse de données innovant visant à l'intégration des données génomiques, biologiques et cliniques
- Développer le projet de recherche et les nouveaux outils nécessaires à la compréhension de l'hétérogénéité tumorale et son lien avec la réponse au traitement
- Collaborer avec les biologistes et bioinformaticiens de l'équipe
- Participer aux réunions de laboratoire hebdomadaire, diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports, présentations orales, rédaction des articles

Connaissances :

- Avoir des compétences en statistiques et génomique, maitrise des langages de programmation R, Perl, Python, (java et sql serait un plus)
- Traitement et analyse des données de génomiques à grande échelle : whole-exome, RNAseq/single-cell RNAseq, methylome
- Anglais écrit et parlé

Savoir-faire :

- Savoir interagir avec des personnes ayant des horizons et intérêts variés (biologie, bioinformatique, etc.).
- Etre autonome pour développer un projet de recherche et savoir travailler en équipe

Aptitudes :

- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine de compétence

Expérience(s) souhaité(s) :

- Débutants acceptés

Niveau de diplôme et formation(s)

- Master en biologie ou bioinformatique