Ingénieur Biologiste en Traitement de Données - Equipe E.Duprez H/F - Service Public

BAP

A

Missions

L'équipe d'Estelle Duprez, Biologie moléculaire intégrative dans les leucémies (Inserm U1068, CNRS, Aix-Marseille Université et institut Paoli-Calmettes) recrute un(e) Ingénieur(e) d'Etudes en bioinformatique pour faire de l'analyse bioinformatique de données transcriptomiques et épigénétiques générées par le laboratoire

L'équipe développe une approche de biologie des systèmes à partir de données OMICs (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) générées en bulk ou à l'échelle de la cellule unique sur des modèles murins et/ou des cellules de patients leucémiques pour décrypter les mécanismes liés à la leucémie.

La personne recrutée prendra en charge les analyses bioinformatiques des différents projets de l'équipe, elle sera amenée principalement à analyser des données de scRNA-seq avec un volet d'intégration multi-omics. L'objectif est d'étudier les corrélations entre les profils moléculaires et cellulaires en réponses à différents traitements afin de mieux comprendre les déterminants de la réponse/résistance thérapeutique.

Activités

principales

· Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données

· Réaliser le traitement des données

· Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études

· Adapter les applications informatiques aux besoins du projet

Activités

associées

· Encadrement et gestion de projet

· Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

Connaissances

· Avoir de bonnes connaissances de génomique et des notions de biologie du cancer

· Connaissance des méthodes statistiques classiques et de leurs applications

· Connaissance de l'environnement Linux/Unix

Savoir-faire

· Maîtrise des outils biostatistiques et bioinformatiques, en particulier ceux utilisés pour les analyses de données NGS (RNAseq/single-cell RNAseq)

· Maîtrise d'un langage de script (Python, Bash)

· Excellente maitrise de R

· Utilisation d'outils de versionning pour développement collaboratif (git)

· Utilisation de logiciel de conteneurisation (type docker ou singularity)

Aptitudes

· Travailler avec rigueur et méthode

· Des capacités d'encadrement et de gestion de projet sont également souhaitables.

· L'activité demande un bon niveau d'anglais (écrit et oral) pour échanger sur les ré...