Ingenieur d'Études Activités Amr Secteur Animal H/F - Institut de Recherche pour le Développement (IRD)

L'UMR PIMIT (Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical) a une vocation régionale et déploie des recherches multidisciplinaires pour mieux comprendre et prévenir les risques infectieux endémiques et émergents dans les îles du sud-ouest de l'océan Indien et les pays environnants. Sa localisation privilégiée au coeur d'un point chaud de biodiversité, d'un carrefour humain entre continents et d'une région très sensible aux changements climatiques et environnementaux propice aux émergences infectieuses offre des opportunités de réalisation d'activités de recherche et de formation au plus proche et répondant aux besoins des terrains du sud. Cette dimension importante est illustrée par le déploiement de nombreux projets à La Réunion, dans les îles voisines du sud-ouest de l'océan Indien (Madagascar, Mayotte, Union des Comores, Maurice, Seychelles, îles Eparses), mais aussi sur la côte est de l'Afrique (Mozambique, Tanzanie, Afrique du Sud). Tous ces territoires offrent des conditions idéales pour le déploiement des activités en collaboration avec les partenaires locaux. L'unité est implantée à Saint-Denis de La Réunion, sur le site du CYROI et au Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion.

Poste d'ingénieur d'Études en charge des activités AMR pour le volet animal dans l'océan Indien.

CDD dans le cadre du Projet Interreg VI RESIST-OI (AntibioRÉSISTance dans le Sud-Ouest de l'Océan Indien : Approche One Health pour l'étude de l'émergence, la dynamique de diffusion et des alternatives thérapeutiques)

La personne recrutée sera basée dans l'équipe ASTRE du CIRAD au Cyroi, La Réunion au sein de laquelle elle interviendra sur les activités AMR du volet animal prévues dans le cadre du projet RESIST-OI. Sous la responsabilité hiérarchique du Dr David Wilkinson, chercheur responsable de la thématique AMR au sein de l'équipe ASTRE du CIRAD basée au Cyroi et responsable du volet animal du projet RESIST-OI. Elle/il sera également suspectible d'intervenir ponctuellement dans les locaux du CHU de La Réunion pour des équipements spécifiques (spectrométrie de masse, ...). Elle interagira de manière quotidienne avec l'équipe ASTRE du CIRAD. Elle interagira également avec les coordonnateurs du projet RESIST-OI (Pr Guillaume Miltgen et Dr Patrick Mavingui).

Les fonctions principales de lingénieur(e) seront de réaliser et traiter les échantillonnages prévus sur les animaux domestiques et d'élevage dans les différents territoires et pays du sud-ouest de l'océan Indien (notamment La Réunion et Madagascar) et visant à caractériser les communautés bactériennes résistantes et les déterminants génétiques impliqués. Elle/Il appuiera les partenaires dans la réalisation des analyses microbiologiques et l'envoi des souches résistantes pour le séquençage au CIRAD. Elle/Il assurera l'animation scientifique et partenariale. La personne recrutée sera impliquée dans l'analyse des données et leur valorisation. Elle sera amenée à travailler avec les autres membres des équipes ASTRE et CHU/PIMIT impliqués dans le projet ainsi qu'avec l'ensemble des partenaires, aussi bien à La Réunion que dans la région. Il s'agira aussi d'appuyer les partenaires dans la mise en place d'une surveillance de l'AMR dans les élevages et de renforcer les capacités locales de diagnostic, de typage et de génomique des bactéries résistantes, à travers des formations et des transferts. Elle devra aussi contribuer à renforcer la sensibilisation et les bonnes pratiques d'usage des antibiotiques en élevage grâce à une stratégie de communication adaptée.

Ce poste s'insère dans les activités du projet Interreg VI RESIST-OI coordonné par Dr. Patrick Mavingui (UMR PIMIT) et Prof. Guillaume Miltgen (CHU/UMR PIMIT). Il sera affecté dans l'équipe ASTRE du CIRAD basée au CYROI à Saint Denis La Réunion, partenaire de l'UMR PIMIT et responsable du volet animal (filières d'élevage, animaux domestiques) du projet, sous la responsabilité du Dr David Wilkinson, chercheur microbiologiste et bio-informaticien, et du Dr Thierry Baldet responsable de l'équipe ASTRE Océan Indien.

Compétences :

- Connaissances en biologie ou domaine apparenté :

- Formation en lien avec la microbiologie, la santé animale et le monde de l'élevage (une formation scientifique préalable liée à la microbiologie, et plus précisément à la thématique de l'AMR serait un plus, de même qu'une première expérience dans un poste similaire).

- Maîtrise des techniques d'enquêtes et de prélèvements sur le terrain ;

- Expérience dans un laboratoire de microbiologie (une mise à jour sera assurée au CYROI et au CHU);

- Conduite d'activités de recherche et de formation/transfert avec des partenaires techniques et les professionnels de l'élevage: éleveurs, vétérinaires (une telle expérience sera appréciée);

- Maîtrise des principaux logiciels bureautiques ;

- Maîtrise des notions de statistiques et de l'utilisation de logiciel dédié ;

- Capacités de référencement des données ;

- Notions sur les procédures APA (Nagoya);

- Capacités de lecture en anglais ;

- Esprit d'analyse et de synthèse;

- Adaptabilité aux contraintes liées au travail en milieu rural nécessitant des interactions fortes avec les professionnels de l'élevage.

Vous faites preuve des qualités humaines suivantes:

- Autonomie et dynamisme ;

- Rigueur, capacités d'organisation et sens des priorités ;

- Aisance relationnelle et enthousiasme ;

- Adaptation à un milieu multiculturel, diplomatie et adaptabilité ;

- Réactivité, créativité, esprit d'initiative;

- Aptitude à la formation;

- Esprit d'équipe

Vous êtes titulaire d'un diplôme de niveau: niveau Bac +5 mais doctorat accepté.