Ingénieur Bio-Informaticien en Traitement de Données Omiques H/F - Service Public

Structure Délégation Régionale Inserm Nouvelle-Aquitaine - UMR INSERM 1262 dirigée par Eric PINAUD

A propos de la structure

Les travaux de recherche du laboratoire sont consacrés à l'étude de la lignée cellulaire B, notamment à travers l'étude des régulations moléculaires et cellulaires qui contrôlent son développement et son homéostasie, en physiologie comme en pathologie.

Mission principale

Contribuer au développement et à la mise en oeuvre d'approches bioinformatiques innovantes visant à caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans l'activation, la différenciation et la transformation maligne des lymphocytes B humains. La personne recrutée participera à l'analyse, l'intégration et l'exploitation de données de séquençage à haut débit générées au laboratoire (ainsi que de jeux de données publics), afin d'identifier de nouveaux mécanismes de régulation du génome et du transcriptome des cellules B physiologiques et pathologiques.

Activités principales

- Développer et mettre en oeuvre des pipelines d'analyse de données de séquençage (RNA-seq, long-read Nanopore, LAM-HTGTS, INDUCE-seq, direct RNA-seq, etc.)

- Contribuer à l'analyse des données de transcriptomique afin d'identifier et caractériser des ARN codants et non codants (ARN circulaires, eRNAs, etc.)

- Participer à l'analyse des données de séquençage visant à cartographier les cassures double brin de l'ADN et les événements de recombinaison génomique

- Réaliser les données de séquençage longue lecture (Nanopore) pour la caractérisation de transcrits complexes et de réarrangements génomiques

- Intégrer et réanalyser des jeux de données publics (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, etc.)

- Assurer l'organisation, la traçabilité et la reproductibilité des analyses bioinformatiques (gestion des scripts, versions, pipelines et données)

- Participer à l'interprétation biologique des résultats en interaction étroite avec les chercheurs et étudiants de l'équipe

- Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines du séquençage haut débit, des technologies longue lecture et de l'analyse de données o...

Connaissances

- Participation à l'analyse de données de séquençage haut débit et de données omiques

- Transcriptomique et génomique fonctionnelle

- Notions de biologie moléculaire, génétique et régulation de l'expression génique

- Des connaissances en immunologie et/ou cancérologie constitueraient un atout

Savoir-faire

- Compétences dans la collecte, le traitement et l'analyse de données de séquençage (contrôle qualité, alignement, etc.)

- Utilisation d'un cluster de calcul via un ordonnanceur de tâches (type SLURM)

- Travail sous environnement Linux/Unix

- Maitrise du langage R

- Anglais scientifique

Aptitudes

- Appétence pour l'analyse et l'interprétation de données biologiques

- Capacité à communiquer dans un environnement scientifique pluridisciplinaire

- Travail en équipe, sur plusieurs projets en parallèle

Expériences(s) souhaitée(s)

- Expérience préalable en bioinformatique appliquée aux données de séquençage haut débit

- Une expérience en transcriptomique, s&...