Ingénieur Structuration des Données « Adn Environnemental » H/F - Muséum National d'Histoire Naturelle

Contexte du recrutement et définition de postePRÉAMBULEL'Unité Patrimoine Naturel (PatriNat) - co-habilitée par le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), l'Office française de la biodiversité (OFB), le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et l'Institut de recherche pour le développement (IRD) - a pour mission de produire une expertise scientifique et technique en faveur de la conservation de la biodiversité. Au sein du MNHN, PatriNat est rattachée à la Direction Générale Déléguée Recherche, Expertise, Valorisation et Enseignement du Muséum (DGD REVE), et a pour objectif de fournir, en lien fort avec les activités de recherche, une expertise scientifique sur la biodiversité et géodiversité de France métropolitaine et ultra-marine, sur les thématiques terrestres et marines, pour l'environnement passé et actuel. Cette expertise et l'ingénierie associée porte sur la connaissance du patrimoine naturel, dont les systèmes d'informations et à l'application de ces connaissances pour l'appui aux politiques et programmes de conservation de la biodiversité.CONTEXTE L'utilisation de l'ADN environnemental (ADNe, ou eDNA en anglais) s'est imposée comme une approche incontournable d'étude de la biodiversité. Les programmes de séquençage à haut débit génèrent des volumes croissants de données brutes qui nécessitent une ingénierie des données robuste, reproductible et interopérable pour être exploitables à des fins scientifiques et réglementaires (Directive-cadre sur l'eau, stratégie nationale biodiversité 2030, etc.).Depuis 2024, PatriNat a engagé un travail de fond sur la structuration des données de biodiversité issues de l'ADNe. Ces travaux ont permis d'identifier les types de données produits et d'analyser les enjeux de standardisation. Ce poste vise à structurer et faire évoluer la gestion des données de biodiversité issues de l'ADNe à l'échelle nationale. Le ou la titulaire jouera un rôle clé dans la définition de standards, leur mise en oeuvre opérationnelle, et leur articulation avec les systèmes d'information nationaux et internationaux (en particulier SINP, GBIF), afin de renforcer la qualité, l'interopérabilité et la valorisation de ces données.DESCRIPTION DES MISSIONSAu sein de l'équipe « Animation du partage des données » le titulaire du poste aura pour objectif principal de structurer la bancarisation, la gestion et la diffusion des données ADNe, en assurant les missions suivantes : Consolidation et opérationnalisation des règles de gestion des données ADNe- Effectuer un état de l'art sur les bonnes pratiques de gestion de données ADNe, et actualiser les travaux réalisés précédemment par PatriNat en fonction des évolutions du domaine. - Rédiger une feuille de route pour structurer les flux de données ADN et piloter son exécution- Formaliser des règles de gestion et de contrôle qualité pour les différents types de données ADNe (échantillons, séquences brutes, ASV/OTU).- Tester et valider ces règles sur des jeux de données réels issus de projets scientifiques partenaires.- Définir les scénarios de partage des données ADNe et définir un modèle de diffusion des données cohérent avec les systèmes d'information sur la biodiversité (notamment SINP, GBIF) et les plateformes de stockage des données (ENA, etc.).Identification et structuration de solutions de gestion - Proposer des évolutions des standards de données français pour être compatibles avec les standards internationaux (ex. Darwin Core, MIxS, EML) et en lien avec les démarches internationales (ex. TDWG, GSC, ELIXIR).- Identifier des solutions d'architecture d'ensemble et de gestion (entrepôts, outils de validation, portails) adaptées à la nature spécifique des données ADNe et proposer des recommandations d'implémentation.- Anticiper les besoins émergents liés aux nouvelles approches (ex. séquençage long reads) et proposer des adaptations des modèles de données le cas échéant- Contribuer aux réflexions sur les spécificités liées à l'affichage et le requêtage des données ADNe sur l'INPN.Animation de la communauté et transfert- Animer un comité technique dédié aux données ADNe.- Rédiger des guides techniques, bonnes pratiques et tutoriels à destination des producteurs de données.- Concevoir et animer des formations et ateliers (webinaires, journées techniques) pour accompagner les équipes productrices de données.- Contribuer le cas échéant aux groupes de travail nationaux et internationaux sur les standards de données ADNe.Veille et valorisation- Assurer une veille active sur les évolutions des techniques ADNe et des pratiques de gestion des données associées.- Rédiger des livrables scientifiques et techniques (rapports, articles, présentations) sur les travaux conduits.- Participer ponctuellement aux réseaux professionnels et scientifiques (PNDB, GBIF, TDWG, EOSC, réseau IFB) pour exposer les travaux de PatriNat et déployer une offre de service.Partenaires internes : équipe « Connaissance de la biodiversité et de la géodiversité », équipe « Surveillance et évaluation », pôle « Technologies numériques », missions « Stratégie SI », « International » et « Outre-mer », autres services du MNHN (ISYEB, UAR DOHNEE).Partenaires externes : projets et réseaux scientifiques partenaires, producteurs de données ADNe.Profil recherchéCONDITIONS ADMINISTRATIVES REQUISESÊtre titulaire au minimum d'un diplôme de niveau Master 2 en écologie moléculaire, bio-informatique, sciences des données ou gestion de données de biodiversité, avec une expérience significative ( 2 ans) dans un contexte professionnel ou de recherche.QUALIFICATIONS REQUISES- Connaissance des techniques d'étude de la biodiversité fondées sur l'ADN (ADNe, metabarcoding, ADN massal) - Expérience avérée en gestion et structuration de données (bases de données relationnelles, workflows, plan de gestion des données).- Connaissance des systèmes d'information nationaux et internationaux Connaissance théorique des standards d'échange de données.- Expérience en animation de réseau, conduite de projet et médiation technique entre profils scientifiques et informatiques.- Excellente aisance rédactionnelle en français ; niveau professionnel en anglais (lecture, rédaction, présentations).- Capacité à travailler en autonomie, mais aussi en équipe pluridisciplinaire (biologistes, informaticiens, gestionnaires de données)- Rigueur scientifique, esprit de synthèse et sens de la pédagogie.COMPÉTENCES APPRÉCIÉES- Pratique de langages de programmation (ex. Python, R) pour le traitement et la validation de données.- Connaissance des outils bioinformatiques de metabarcoding (DADA2, QIIME2 ou équivalent, OBITools).- Connaissance du processus de dépôt de données sur des plateformes publiques via les outils dédiés (ex. ENA, GBIF (via MDT/IPT), OBIS).- Connaissance du contexte réglementaire français et européen de la surveillance de la biodiversité (ex. DCE, stratégie biodiversité 2030).Information(s) complémentaire(s)Venez rejoindre un établissement chargé d'histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d'une grande variété de métiers et d'activités, le Muséum vous propose d'intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.MODALITÉS DE RECRUTEMENTType de contrat : Contrat à durée déterminéeDurée : 18 moisRémunération : en fonction du profil du candidat retenu et des grilles de rémunération de l'établissementDate de prise de fonction : dès que possible (en septembre)Lieu : Paris (75) - Jardin des plantes ou musée de l'Homme, ou Brunoy (91)LES AVANTAGESRemboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)Télétravail possible jusqu'à deux jours par semaine en fonction du cycle de travailRestaurant d'entreprise ou tickets-restaurantsMutuelle d'établissementUn comité social et une association sportive et culturelleAccès illimité aux sites de l'établissement avec invitésVenez rejoindre un établissement chargé d'histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d'une grande variété de métiers et d'activités, le Muséum vous propose d'intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.