Mission de Vsc en Bioinformatique H/F - Ifremer

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planèteDes abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines. L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer. www.ifremer.fr
Date de fin de réception des candidatures : 17 août 2026Depuis janvier 2020, l'unité LEAD-NC (Lagon, Ecosystèmes et Aquaculture Durable en Nouvelle-Calédonie) est membre de l'UMR Entropie (Écologie Marine Tropicale des océans Pacifique et Indien) dont l'objectif général est d'étudier la biodiversité et les ressources marines et littorales de la grande région Indo-Pacifique tropicale. Nos travaux visent à comprendre la dynamique et la vulnérabilité de cette biodiversité face aux forçages environnementaux naturels et anthropiques et à développer des outils de conservation et de valorisation durable des ressources, d'aide à la gestion et à la gouvernance.Les travaux de l'unité Ifremer LEAD se concentrent plus particulièrement sur la caractérisation et la compréhension de la dynamique des écosystèmes lagonaires et des agrosystèmes, leur état de santé, à différentes échelles (de l'écosystème à l'organisme) selon trois axes i) la dynamique des forçages environnementaux lors d'épisodes intenses (eg. Canicules marines, dépressions tropicales), ii) la diversité et structure microbienne environnementale le long du continuum terre-mer en prenant en compte les agrosystèmes iii) la réponse de l'holobionte (limites physiologiques d'organismes d'intérêt écologique ou aquacole, plasticité phénotypique...) face à ces forçages. Placé(e) sous la responsabilité du Responsable de l'Unité de Recherche « Lagon, Ecosystèmes et Aquaculture Durable en Nouvelle-Calédonie » (LEAD NC), vous viendrez renforcer l'activité des chercheurs de l'Ifremer Nouvelle-Calédonie en matière d'analyse de données issues des technologies NGS, générées dans le cadre des projets de recherches menés sur l'aquaculture (crevettes, microalgues, huîtres et assemblages inter espèces) ainsi que sur les suivis de l'environnement lagonaire (impacts des polluants, canicules marines, dessalures...). Ces projets possèdent différentes sources de financement (direction scientifique de l'Ifremer, projets ANR/PPR, collectivités locales...) et touchent trois principaux domaines : (i) le développement écologique et durable de l'aquaculture en Nouvelle-Calédonie, (ii) l'évaluation des impacts de pressions sur le lagon par l'analyse de suivis environnementaux, et (iii) l'identification et la caractérisation de microalgues d'intérêt économique et de microalgues toxiques d'intérêt sanitaire.Vous serez techniquement et scientifiquement encadré(e) par votre tuteur, et de façon complémentaire par les cadres en charge du pilotage des principales actions sur lesquelles vous interviendrez.. Vous participez à l'analyse de données NGS résultantes de séquençage HiSeq notamment de métabarcoding (gène codant pour l'ADNr 16S et 18S) de différents projets en lien avec l'aquaculture (crevettes, microalgues et autres modèles biologiques d'intérêt) ou l'environnement lagonaire, notamment sur les analyses taxonomiques et biostatistiques autour des communautés microbiennes.Vous participez à l'assemblage de transcriptomes de novo et à leur annotation fonctionnelle, pour divers organismes d'intérêt économique (e.g. la crevette Penaeus stylirostris), sanitaire (e.g. microalgues toxiques) ou écologique.Vous réalisez un rapportage précis et régulier de ses activités : présentations orales et rédaction des rapports d'étude selon les projets.Vous réalisez une veille scientifique et bibliographique sur les technologies NGS et les algorithmes d'analyses (métabarcoding, génomique, métagénomique (DNA-seq), transcriptomique et métatranscriptomique (RNA-seq), en lien avec les autres unités Ifremer impliquées dans ces domaines et du service de bioinformatique de l'Ifremer (SeBIMER).Vous participez aux expérimentations, campagnes de prélèvements et aux analyses biologie moléculaire des projets en lien avec les analyses bioinformatiques qu'il/elle aura à réaliser.Vous participez aux actions de communication sur vos travaux et plus largement sur les travaux du LEAD-NC, au travers des évènements comme la fête de la science, les journée portes ouvertes...etc. Ceci nécessite de développer des outils de vulgarisation et de mettre en place des animations à destination de publics variés et de tous âges. Activités principales : Mise en oeuvre des outils d'analyse disponibles dans les domaines de la bioinformatique.Analyse de données de métabarcoding et méta-analyses associées.Assemblage et annotation de transcriptomesChamps relationnel En interne Chercheurs, ingénieurs et techniciens de l'unité LEAD et de l'UMR Entropie Ingénieurs et techniciens des services informatiques de l'Ifremer, notamment du SEBIMER.Personnels des unités et UMRs Ifremer (Tahiti et hexagone) En externePersonnels IRD, IAC, IPNC ou UNC sur les plateaux techniques partagés au sein du CRESICA et à travers les groupes de travail sur les analyses « omiques » de l'UMR Entropie et du CRESICA.

diplôme d'ingénieur/Master 2 en bioinformatique.Une première expérience dans le traitement et l'analyse NGS (stage, CDD) est indispensable.Permis B indispensable. Maîtrise des concepts et outils de la bioinformatique (manipulation de données NGS, Galaxy, pipeline d'analyse de données NGS, un ou plusieurs langage(s) de programmation (Python, UNIX)).Maîtrise des outils informatiques et statistiques de base ; maitrise de l'environnement R. Connaissances en analyses statistiques de données « omiques ».Expériences et connaissances en biologie animale et végétale (algues ou microalgues) souhaitée.Maîtrise de l'anglais Qualités personnelles :Autonomie, ouverture d'esprit, initiative ;Capacités rédactionnelles et de communication en français et en anglaisAptitude au travail en équipe ;Rigueur ;Sens de l'organisation, rigueur, esprit d'initiative, autonomie et motivation,Capacité à s'adapter dans un contexte d'isolement géographique.