Thèse Caractérisation de la Microstructure Cérébrale par Irm de Diffusion Avancée H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Claude Bernard Lyon 1 École doctorale : NSCo - Neurosciences et Cognition Laboratoire de recherche : ISC-MJ - INSTITUT DES SCIENCES COGNITIVES MARC JEANNEROD Direction de la thèse : Bassem HIBA Début de la thèse : 2026-11-01 Date limite de candidature : 2026-08-15T23:59:59 L'IRM de diffusion avancée connaît un essor majeur avec le développement de techniques d'imagerie paramétrique de la microstructure cérébrale, ouvrant de nouvelles perspectives pour le diagnostic et le pronostic des neuropathologies grâce à des biomarqueurs plus spécifiques et précoces, notamment dans le contexte de l'inflammation cérébrale.Cette thèse a pour objectif de développer et mettre en oeuvre la méthodologie nécessaire à la production de cartes paramétriques de haute qualité décrivant la microstructure de la substance blanche et de la substance grise cérébrales. Le candidat optimisera la méthode d'IRM de diffusion 3D à haute sensibilité et résolution développée par l'équipe du Dr Bassem Hiba (Tounekti et al., NeuroImage, 2018 ; Bihan-Poudec et al., Imaging Neuroscience, 2023 ; Crombé et al., Scientific Reports, 2022), sur un scanner préclinique 7 Tesla dédié à l'imagerie du petit animal.Des données in vivo avancées seront acquises chez le rongeur à l'aide de protocoles exploitant des variations d'encodage de la diffusivité de l'eau, afin de mieux caractériser la microstructure tissulaire. Le doctorant assurera ensuite le pré-traitement et la modélisation des données à l'aide d'algorithmes de pointe, dans le but d'extraire des biomarqueurs microstructuraux robustes et spécifiques de la substance blanche et de la substance grise, en lien avec l'étude de l'inflammation cérébrale.Ce travail se situe à la frontière entre physique médicale, traitement du signal et neurosciences, et donnera lieu à des publications scientifiques et communications en conférences internationales. L'IRM de diffusion avancée connaît un essor majeur avec le développement de techniques d'imagerie paramétrique de la microstructure cérébrale. Ces approches ouvrent de nouvelles perspectives pour le diagnostic et le pronostic des neuropathologies, en donnant accès à des biomarqueurs plus spécifiques et précoces, notamment dans le contexte de l'inflammation cérébrale. La thèse s'inscrit dans cette dynamique innovante, à la frontière entre physique médicale, traitement du signal et neurosciences.Ce projet de recherche est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) et s'appuie sur un consortium de partenaires complémentaires : des équipes spécialisées en biologie, en charge de la validation in vivo des résultats, et des équipes spécialisées en simulation numérique, chargées de développer une modélisation numérique de la microstructure cérébrale. Identifier des biomarqueurs non invasifs pour l'inflammation cérébrale, en développant et en employant des méthodes avancées en IRM de diffusion. IRM de diffusion avancéeIRM préclinique à haut champ magnétiqueReconstruction d'imageTraitement et modélisation des donnéesMachine learning

Diplôme de Master 2 (ou équivalent) en physique, physique médicale, imagerie médicale, ou traitement du signal/image.Connaissances en imagerie médicale, notamment en IRMConnaissances en traitement du signal et de l'imageCompétences en programmation scientifique (Matlab, Python, ou équivalent)Bon niveau d'anglais scientifique (lu, écrit)Rigueur, autonomie, esprit d'équipe, implication et curiosité scientifique