Chercheur Post-Doctoral en Biophysique Biochimie et Microbiologie H/F - CNRS

Description du Poste Les Missions La tuberculose (TB), causée par Mycobacterium tuberculosis (Mtb), reste l'une des maladies infectieuses les plus meurtrières au monde, responsable de plus d'un million de décès chaque année. Le dogme actuel est que la bactérie Mtb est transmise exclusivement par la toux. Cependant, des observations récentes d'organismes présentant des caractéristiques morphologiques et métaboliques de bacilles de Mtb dans l'air expiré de patients atteints de TB remettent en cause ce dogme. De plus, de tels organismes ont même été observés dans l'air expiré d'individus sans symptômes évidents de TB, ce qui suggère que ces individus pourraient constituer un réservoir auparavant non considéré comme capable de propager Mtb. Cela souligne le besoin urgent de stratégies innovantes pour identifier les individus à risque de transmettre la TB, qui pourraient reposer sur la détection spécifique de Mtb dans l'air expiré.Le projet DetectTbTransmitters vise à répondre à ce besoin en identifiant des biomarqueurs spécifiques de Mtb dans l'air expiré. Le chercheur ou la chercheure postdoctoral.e. recruté.e jouera un rôle clé dans ce projet, en réalisant des analyses biochimiques et biophysiques d'échantillons d'EBC (condensat d'air expiré, « exhaled breath condensate ») collectés auprès d'individus, avec ou sans diagnostic de TB, dans une communauté très touchée par la TB. Les résultats générés contribueront au développement de stratégies pour détecter les individus à risque de transmettre Mtb et pourraient éclairer les actions à mener pour gérer ces personnes potentiellement contagieuses. L'Activité L'observation microscopique d'échantillons d'EBC a révélé la présence de micro-organismes ressemblant à des mycobactéries, compte tenu de leurs caractéristiques morphologiques et du marquage métabolique de leur enveloppe cellulaire par un précurseur fluorescent des glycolipides de la membrane externe des mycobactéries et d'autres actinomycètes. Un objectif clé du projet DetectTbTransmitters est d'identifier des biomarqueurs supplémentaires qui indiquent la présence non-ambiguë de Mtb dans les échantillons d'EBC. Cela nécessite une compréhension plus approfondie des caractéristiques physiologiques des micro-organismes ressemblant à Mtb dans ces échantillons.Pour répondre à cet objectif, la personne recrutée utilisera la microscopie à force atomique (AFM) à l'échelle de la cellule unique pour imager et sonder les organismes présents dans les échantillons d'EBC dans leur état natif, c'est-à-dire sans reculture. En utilisant cette approche, il/elle générera plusieurs ensembles de données capables de distinguer Mtb des autres micro-organismes dans l'EBC. Tout d'abord, une imagerie combinée de la topographie et des propriétés nanomécaniques sera réalisée afin d'obtenir des cartes corrélées, à l'échelle nanométrique, de la morphologie de surface native, de la rigidité et des propriétés d'adhésion hydrophobes des micro-organismes de l'EBC. Dans un second temps, des sondes AFM fonctionnalisées avec des récepteurs (anticorps ou lectines) reconnaissant des épitopes spécifiques des molécules de l'enveloppe cellulaire de Mtb seront utilisées pour mesurer, par spectroscopie de force, les interactions moléculaires spécifiques à la surface de ces organismes. Les données obtenues permettront de caractériser la cinétique de liaison et l'affinité des récepteurs pour les épitopes exposés à la surface d'organismes individuels, ainsi que de cartographier la distribution latérale de ces épitopes à travers leur reconnaissance moléculaire. Cette approche fournira des informations essentielles sur la manière dont les paramètres de liaison (thermodynamique et cinétique) ainsi que l'organisation spatiale des ligands (densité, distribution et regroupement) à la surface bactérienne peuvent être exploités pour distinguer spécifiquement Mtb des organismes non-Mtb.Par ailleurs, il est bien établi que certaines molécules de l'enveloppe des mycobactéries sont libérées dans le milieu extracellulaire. À titre d'exemple, le lipoarabinomannane (LAM), un lipoglycane, a été détecté à des concentrations élevées dans l'EBC de patients tuberculeux. Fort des connaissances acquises grâce aux expériences de sondage moléculaire par AFM, la personne recrutée étudiera également le LAM ainsi que, potentiellement, d'autres biomolécules dérivées de Mtb présentes sous forme soluble dans les échantillons d'EBC. Cette caractérisation reposera sur une approche multimodale combinant des immunodosages utilisant des anticorps dirigés contre des épitopes spécifiques de molécules de Mtb, ainsi que des analyses par résonance magnétique nucléaire et par spectrométrie de masse, réalisées avec l'appui des spécialistes de l'équipe. Votre Profil Compétences La personne recrutée sera titulaire d'un doctorat en biochimie, biophysique, biologie moléculaire ou dans une discipline connexe, et disposera d'une solide expérience dans au moins l'un de ces domaines. Une expérience en techniques biochimiques et/ou biophysiques est requise. Une expertise en AFM ou un intérêt démontré pour cette technique constituerait un atout majeur.Le candidat doit être rigoureux, organisé et capable de travailler à la fois de manière autonome et en collaboration au sein d'un consortium international. D'excellentes compétences en communication, à l'écrit comme à l'oral, en anglais sont essentielles. Il/elle doit être capable de concevoir et d'optimiser des protocoles expérimentaux, d'analyser et d'interpréter des données complexes, de tenir des registres de laboratoire méticuleux et de présenter efficacement les résultats aux collaborateurs. Votre Environnement de Travail Le travail se déroulera au sein de l'équipe « Immunomodulation par les lipides et glycoconjugués mycobactériens », dirigée par Jérôme Nigou à l'Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS), CNRS/Université de Toulouse (UMR 5089), Toulouse. Notre équipe se concentre sur le décryptage des bases moléculaires et cellulaires de l'infection par Mtb et participe à divers programmes visant à développer de nouvelles approches diagnostiques, vaccinales et thérapeutiques contre la tuberculose.Le chercheur postdoctoral recruté travaillera dans le cadre du projet DetectTbTransmitters, financé par l'ANRS-MIE et le South African Medical Research Council, qui rassemble un consortium de deux équipes issues de ces deux pays. Le chercheur postdoctoral sera basé à l'IPBS à Toulouse, sous la supervision du Dr Albertus Viljoen et du Dr Jérôme Nigou. Contraintes et risques Les travaux avec Mtb seront réalisés dans un laboratoire de niveau de biosécurité 3 (BSL-3), conformément à des protocoles de biosécurité stricts. Le candidat devra suivre une formation obligatoire en matière de sécurité et respecter toutes les procédures de biosécurité établies. Les expériences d'AFM seront réalisées sur des échantillons d'EBC inactivés au formaldéhyde, conformément aux procédures opérationnelles standard de l'IPBS, en vue de leur sortie sécurisée du laboratoire BSL3 et d'analyses à un niveau de confinement inférieur. Rémunération et avantages Rémunération entre 3041.28 € et 4216.70 € brut mensuel selon expérience Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€ À propos de l'offre Référence de l'offre UMR5089-ALBVIL-003 Section(s) CN / Domaine de recherche Biologie moléculaire et structurale, biochimie Expérience souhaitée 1 à 4 années À propos du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche