Thèse Nss à l'Interface Entre Agrégation Amyloïde Virulence et Adaptation Hôte-Vecteur H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Claude Bernard Lyon 1 École doctorale : E2M2 - Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation Laboratoire de recherche : IVPC - Infections Virales et Pathologie Comparée Direction de la thèse : Pierre-Yves LOZACH ORCID 0000000299661452 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-09-30T23:59:59 Les virus émergents constituent une menace croissante pour la santé humaine et animale. Parmi eux, le virus de la fièvre de la Vallée du Rift (RVFV), transmis par les moustiques, est responsable de formes cliniques sévères fréquemment associées à une forte mortalité. Son principal facteur de virulence est la protéine non structurale NSs. Nos travaux récents ont montré que NSs forme, dans les cellules de mammifères, des fibrilles de type amyloïde favorisant la cytotoxicité et l'échappement aux réponses antivirales, alors que ces structures demeurent transitoires dans les cellules de moustiques. Ce projet de thèse vise à décrypter les relations structure-fonction de NSs en comparant son comportement dans des cellules de mammifères et d'arthropodes. Des approches complémentaires de biophysique structurale et de virologie fonctionnelle seront développées au sein des laboratoires VIM (Jouy-en-Josas) et IVPC (Lyon) afin de caractériser les états d'agrégation de NSs et leurs conséquences biologiques. Les résultats attendus pourraient faire émerger un nouveau cadre conceptuel dans lequel les agrégats amyloïdes viraux agiraient comme des régulateurs dynamiques de l'infection et ouvrir la voie au développement de stratégies antivirales innovantes ciblant ces structures, potentiellement transposables à d'autres virus émergents et à des pathologies liées à l'agrégation protéique. Les arbovirus émergents et ré-émergents représentent une menace croissante pour la santé humaine, animale et la sécurité alimentaire, au coeur du concept One Health. Parmi eux, les phénuivirus, et notamment le virus de la fièvre de la Vallée du Rift (RVFV), constituent une préoccupation majeure. Transmis principalement par les moustiques, le RVFV est responsable d'épidémies et d'épizooties pouvant entraîner des formes sévères chez l'Homme et les animaux d'élevage, incluant des atteintes hépatiques, neurologiques et hémorragiques. Malgré son potentiel zoonotique et son expansion géographique progressive, aucun traitement antiviral spécifique ni vaccin humain n'est actuellement disponible.La virulence du RVFV repose en grande partie sur sa protéine non structurale NSs, un facteur majeur d'échappement aux réponses antivirales cellulaires. Des travaux récents ont montré que NSs forme des fibrilles de type amyloïde dans les cellules de mammifères, contribuant à la cytotoxicité et à la progression de la maladie. À l'inverse, un virus dépourvu de NSs présente une virulence fortement réduite, soulignant le rôle central de cette protéine dans la pathogénicité virale. NSs constitue ainsi un modèle pertinent pour comprendre comment une protéine virale unique peut remodeler les fonctions cellulaires de l'hôte.L'équipe de Pierre-Yves Lozach (IVPC, Lyon) dispose d'une expertise reconnue sur les arbovirus et a récemment démontré que les structures filamenteuses de NSs observées dans les cellules de mammifères correspondent à des assemblages amyloïdes associés à la virulence virale. Des résultats préliminaires indiquent qu'à l'inverse, dans les cellules de moustiques vecteurs, ces structures restent transitoires et sont rapidement désassemblées, permettant la survie cellulaire et la persistance de l'infection. Ces observations suggèrent que la dynamique d'agrégation de NSs pourrait constituer un déterminant clé de l'adaptation du RVFV à ses différents hôtes. L'objectif est de décrypter les mécanismes moléculaires gouvernant la fibrillation de NSs et son impact sur la virulence du RVFV. Cette thèse ambitionne d'élucider comment les différents états conformationnels de la protéine NSs - monomères, oligomères et fibrilles amyloïdes - contrôlent la virulence et l'adaptation du RVFV chez ses hôtes biologiques, mammifères et moustiques.Le projet repose sur l'hypothèse que la fibrillation de NSs constitue un mécanisme central de modulation des réponses antivirales cellulaires. Dans les cellules de mammifères, la formation d'agrégats amyloïdes favoriserait l'échappement immunitaire et la cytotoxicité, tandis que dans les cellules de moustiques, une désagrégation dynamique de ces structures limiterait leur toxicité et permettrait l'établissement d'infections persistantes compatibles avec la transmission virale.Afin de tester cette hypothèse, le projet poursuivra trois objectifs complémentaires. Le premier consistera à caractériser in situ les états d'agrégation de NSs dans différents contextes cellulaires grâce à des approches de biophysique structurale et d'imagerie spectroscopique. Le second visera à relier les signatures structurales observées aux fonctions biologiques de NSs, notamment la suppression des réponses antivirales et l'activation des voies de mort cellulaire régulée. Enfin, le troisième objectif sera d'identifier les déterminants moléculaires et partenaires cellulaires impliqués dans la fibrillation de NSs afin d'explorer leur potentiel comme cibles antivirales. Modèles biologiques. Le projet combinera des approches de virologie moléculaire, de biophysique, de biologie structurale et de biologie cellulaire. Il s'appuiera sur des systèmes de génétique inverse du virus de la fièvre de la Vallée du Rift (RVFV), incluant des virus mutants pour la protéine NSs, ainsi que sur des modèles cellulaires complémentaires de mammifères et de moustiques. Des systèmes d'expression de NSs permettront également d'étudier cette protéine indépendamment du contexte infectieux.Objectif 1. Caractériser les états d'agrégation de NSs. Des approches de biophysique et de biologie structurale de pointe, mises en oeuvre notamment au synchrotron SOLEIL et sur des plateformes d'imagerie de dernière génération, permettront de caractériser les différents états d'agrégation de NSs dans les cellules de mammifères et de moustiques ainsi que leur organisation à l'échelle moléculaire et cellulaire.Objectif 2. Relier structure et fonctions biologiques. Des approches de virologie, de biologie moléculaire et des analyses à haut débit permettront d'étudier, au sein du laboratoire IVPC à Lyon, l'impact des différents états d'agrégation de NSs sur la réplication virale, les réponses antivirales de l'hôte et les mécanismes de mort cellulaire régulée.Objectif 3. Identifier les mécanismes cellulaires contrôlant la dynamique de NSs. Des approches de biologie cellulaire, d'imagerie, d'analyse des interactions protéiques et de génétique fonctionnelle, seront mises en oeuvre afin d'identifier les facteurs cellulaires qui contrôlent l'agrégation et la dynamique de NSs dans les cellules de mammifères et de moustiques.

Titulaire d'un Master (ou équivalent) en biologie cellulaire, virologie, infectiologie ou discipline connexe, le/la candidat(e) devra présenter un intérêt marqué pour l'étude des interactions virus-cellule.Une première expérience pratique en culture cellulaire et en biologie moléculaire ainsi qu'une appétence pour la microscopie (confocale ou autre) et l'analyse d'images sont attendues. Le projet nécessitant l'étude fine de mécanismes moléculaires, une bonne compréhension des interactions protéine - protéine et des bases de la biochimie structurale est requise. Des connaissances en chimie (notamment en lien avec la structure et les propriétés des biomolécules) constitueraient un atout.Rigueur, capacité d'analyse, autonomie et aptitude à travailler en équipe dans un environnement multidisciplinaire seront essentielles.