Stage Variabilité Génétique de la Fertilité du Maïs Face au Changement Climatique 31 H/F - Arvalis

La souveraineté de la production de semences de maïs en France, premier producteur européen et premier exportateur mondial, dépend de la production de semences de bonne qualité et en quantité suffisante. Les lignées de maïs, moins vigoureuses que les hybrides, sont sujettes à des aléas climatiques croissants. La survenue aléatoire de stress thermiques chauds et hydriques autour de la floraison peut fortement impacter la production de semences.

Sujet du stage : analyse de l'effet d'un stress hydrique et thermique sur la fertilité mâle et femelle d'un panel de lignées de maïs.

Ce stage s'inscrit dans le cadre d'un projet (FertilCliM, financé par Plant2Pro® Carnot Institute in the frame of its 2025 call for projects. Plant2Pro® is supported by ANR (amendment #25-CARN-0025-01 relating to agreement 20-CARN-0025-01)) visant à fournir aux sélectionneurs de maïs des outils génétiques afin d'assurer la production de semences de haute qualité dans le contexte du changement climatique. Une évaluation de la tolérance au stress thermique chaud à la floraison sera réalisée sur un panel diversifié de 240 lignées de maïs. Des traits liés à la fertilité mâle et femelle seront phénotypés sur ces lignées, incluant la faculté germinative du pollen, l'ASI (Anthesis-to-Silking Interval), le nombre de soies et la cinétique d'émission des soies, le PMG et l'architecture de remplissage de l'épi. Le stress thermique chaud sera appliqué à la floraison dans une serre en conditions contrôlées. Dans le cadre du projet, les lignées seront génotypées afin de rechercher ultérieurement des QTL (Quantitative Trait Loci).

Les résultats attendus incluent une caractérisation de lignées européennes pour leur tolérance au stress thermique chaud et hydrique, qui sera en partie conduite durant ce stage. Ces avancées permettront, en premier lieu, de mieux comprendre les déterminants génétiques de la tolérance à ce stress et d'améliorer la résilience des cultures de maïs face aux défis environnementaux, afin de sécuriser la production de semences.

Ce stage mêle une expérience de terrain à l'analyse de données statistiques et de génétique quantitative.

Objectif du travail

Participation au phénotypage des traits de fertilité mâle et femelle sur maïs, analyse des données collectées sur le panel de lignées de maïs, analyses de génétique d'association (GWAS) et modèles de prédiction génomique.

Méthodes envisagées

• Phénotypage au champ incluant l'utilisation d'un algorithme d'analyse d'images développé en interne (nombre de soies) et la quantification de la germination du pollen in vitro au microscope.
• Analyse statistique des données collectées pour caractériser l'effet de la température (essai passé) et l'effet du stress hydrique (essai en cours) sur le panel de lignées de maïs (sur R).
• Analyses de génétique quantitative (GWAS et prédiction génomique) pour rechercher des QTL liés au maintien de la fertilité dans le contexte du changement climatique (sur R).
• Présentation des travaux du stage aux partenaires du projet (INRAe).

Profil requis

• Étudiant(e) Bac +5 en Agronomie/ Agriculture, stage de fin d'études.
• Connaissances en agronomie générale , en physiologie végétale et génétique quantitative.
• Appétence pour le terrain.
• Maîtrise de Excel et R pour l'analyse de données.
• Bonnes capacités rédactionnelles.
• Autonomie, prise d'initiative, bon relationnel, rigueur, curiosité.
• Langues : Français (courant) et Anglais (lecture)

Infos pratiques

• Stage de 6 mois, débutant au 01/03/2027, au 15/03/2027 ou au 01/04/2027.
• Indemnité de stage en vigueur
• Responsable : Alexia Crézé, ingénieure R&D analyses génétiques