Doctorant en Génomique Régulatrice Comparative Origines Évolutives des Enhancers Exoniques H/F - CNRS

Description du Poste Sujet De Thèse La plupart des études génomiques de la régulation de l'expression des gènes reposent sur l'hypothèse que les éléments cis-régulateurs sont situés en dehors des régions qui codent pour des protéines. Cependant, il est à ce jour démontré que les exons codants peuvent avoir des rôles cis-régulateurs, pouvant notamment fonctionner comme éléments amplificateurs de l'expression des gènes (Lampe et al. 2008; Ritter et al. 2012; Birnbaum et al. 2012). Des travaux récents ont démontré que les génomes de l'humain et de la souris contiennent plusieurs milliers d'exons codants avec de forts signaux de fixation de facteurs de transcription et des signatures chromatiniennes caractéristiques des éléments amplificateurs (Mouren et al. 2026). Des rôles régulateurs ont été validés expérimentalement pour plusieurs centaines de ces éléments exoniques (Mouren et al. 2026). Ces observations appellent à une réévaluation de la définition des éléments régulateurs et de l'impact fonctionnel des mutations qui ont lieu dans les régions exoniques codantes du génome. Le projet de recherche doctoral financé dans le cadre de l'ANR EXONHANCER se focalisera sur les origines et les trajectoires évolutives des éléments régulateurs exoniques, à travers les vertébrés. Son objectif principal est de clarifier l'impact des doubles contraintes fonctionnelles (séquence codant pour une protéine et séquence régulatrice) sur l'évolution des éléments régulateurs exoniques.La personne recrutée intégrera des annotations génomiques et des alignements de génomes complets afin d'identifier les enhancers exoniques orthologues et de reconstituer leur histoire évolutive. Le projet étudiera la manière dont les contraintes liées au codage protéique et à la régulation interagissent sur de longues échelles de temps évolutif, ainsi que l'influence de forces évolutives plus récentes sur les enhancers exoniques. Le travail comprendra le développement de workflows bioinformatiques reproductibles, la réalisation d'analyses statistiques, ainsi que la visualisation et l'interprétation de données génomiques à grande échelle.Nous recherchons une personne titulaire, ou en voie d'obtention avant le début du contrat, d'un diplôme de master ou équivalent en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique, biologie évolutive ou dans une discipline apparentée. Les compétences essentielles comprennent une expérience dans l'analyse de données génomiques, la maîtrise de Python et/ou de R, une bonne connaissance de la ligne de commande sous Linux/Unix et de solides bases en statistiques. La personne recrutée devra être capable de travailler de manière autonome et collaborative, ainsi que de communiquer efficacement leurs résultats scientifiques en anglais.Une expérience en génomique comparative, évolution moléculaire, phylogénétique, génomique des populations ou transcriptomique constituera un atout. Une connaissance des formats de données génomiques, du calcul haute performance, des gestionnaires de workflows tels que Snakemake ou Nextflow, ainsi que du contrôle de version avec Git serait également appréciée. Une expérience préalable dans l'ensemble de ces domaines n'est toutefois pas exigée.BibliographyBirnbaum, Ramon Y., E. Josephine Clowney, Orly Agamy, et al. 2012. Coding Exons Function as Tissue-Specific Enhancers of Nearby Genes. Genome Research 22 (6): 1059-68. https://doi.org/10.1101/gr.133546.111. Lampe, Xavier, Omar Abdel Samad, Allan Guiguen, et al. 2008. An Ultraconserved Hox-Pbx Responsive Element Resides in the Coding Sequence of Hoxa2 and Is Active in Rhombomere 4. Nucleic Acids Research 36 (10): 3214-25. https://doi.org/10.1093/nar/gkn148. Mouren, Jean-Christophe, Magali Torres, Antoinette van Ouwerkerk, et al. 2026. Exonic Enhancers Are a Widespread Class of Dual-Function Regulatory Elements. Nature Communications 17 (1): 4755. https://doi.org/10.1038/s41467-026-71220-6. Ritter, Deborah I., Zhiqiang Dong, Su Guo, and Jeffrey H. Chuang. 2012. Transcriptional Enhancers in Protein-Coding Exons of Vertebrate Developmental Genes. PloS One 7 (5): e35202. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0035202. Votre Environnement de Travail L'étudiant.e intégrera le Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE), à Lyon (https://lbbe.univ-lyon1.fr/fr). Le LBBE regroupe environ 200 personnes ; les recherches qui y sont menées s'appuient sur trois piliers : (i) la biométrie avec des développements méthodologiques en statistique, informatique et mathématique pour la modélisation du vivant ; (ii) l'écologie et l'évolution abordées de l'échelle moléculaire et génomique à l'échelle des populations et communautés ; (iii) la santé, en développant la médecine de précision et la médecine basée sur les preuves. La thèse sera co-encadrée par Anamaria Necsulea (LBBE, Lyon) et Benoît Ballester (TAGC, Marseille). La doctorante ou le doctorant bénéficiera des expertises complémentaires du LBBE en génomique évolutive et comparative, et du TAGC en génomique régulatrice et fonctionnelle à grande échelle.Des voyages (en France ou à l'étranger) sont prévus dans le cadre du projet. L'étudiant.e devra respecter les règles internes du laboratoire d'accueil et du CNRS, en lien avec la sécurité au travail.Nos petits + :- Un environnement de travail stimulant au contact de personnels de la recherche- Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire- Une possibilité de télétravailler- Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.- Le remboursement partiel des titres de transport (75%)+ forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an- Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + T6 bus)- 44 jours de congés / RTT par an- Contrat de protection sociale complémentaire Rémunération et avantages Rémunération La rémunération est de 2300,00 € brut mensuel Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€ À propos de l'offre Référence de l'offre UMR5558-NATARB-118 Section(s) CN / Domaine de recherche Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés À propos du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche