Thèse Exploration Phytochimique des Vignes Sauvages par des Outils de Réseaux Moléculaires pour la Recherche de Nouveaux Antimicrobiens. H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Tours École doctorale : Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV Laboratoire de recherche : Biomolécules et Biotechnologies Végétales Direction de la thèse : Arnaud LANOUE ORCID 0000000273778177 Début de la thèse : 2026-11-15 Date limite de candidature : 2026-10-20T23:59:59 Cette thèse s'inscrit dans le contexte de la lutte contre l'antibiorésistance et de la recherche d'alternatives durables aux antibiotiques, selon une approche One Health. Elle vise à explorer le potentiel antimicrobien de plusieurs espèces de vignes sauvages (Vitis spp.), encore peu étudiées sur le plan phytochimique et susceptibles de constituer une source originale de molécules bioactives, notamment des stilbènes.
Le projet combinera métabolomique non ciblée par spectrométrie de masse haute résolution (HRMS) et Bioactive Molecular Networking afin de relier les profils moléculaires des extraits à leur activité antimicrobienne et de prioriser les composés d'intérêt. Les molécules sélectionnées seront ensuite isolées par des techniques chromatographiques complémentaires (CPC, HPLC préparative) et caractérisées structuralement par RMN. Leur activité sera évaluée in vitro sur des souches bactériennes pathogènes multirésistantes, notamment par la détermination des concentrations minimales inhibitrices et bactéricides.
Les travaux permettront de mieux caractériser la diversité chimique des vignes sauvages, de développer un workflow analytique combinant éco-extraction et réseaux moléculaires guidée par l'activité biologique, ceci afin d'identifier de nouvelles molécules ou fractions à potentiel antimicrobien. À terme, cette approche pourrait contribuer à la valorisation de ressources végétales sous-exploitées et au développement de nouvelles stratégies de lutte contre l'antibiorésistance. L'augmentation de l'antibiorésistance impose de réduire l'usage des antibiotiques en santé. En accord avec l'approche globale « One Health », il est urgent de développer des alternatives thérapeutiques durables pour la santé humaine et animale, tout en favorisant des modèles d'économie circulaire et de bioéconomie. La viticulture génère d'importants coproduits riches en molécules de défense, notamment les stilbènes (dérivés du trans-resvératrol). Si la composition de la vigne domestique (Vitis vinifera L.) est bien documentée, celle des espèces de vignes sauvages demeure largement inexplorée. Ces espèces sauvages constituent un réservoir de diversité chimique unique, susceptible de contenir des structures moléculaires inédites et des agents antimicrobiens puissants. L'objectif général de ce projet de thèse est d'explorer la diversité phytochimique des espèces sauvages du genre Vitis afin d'identifier, de purifier et de caractériser de nouveaux composés d'intérêt (notamment de nature stilbénique) dotés d'un fort potentiel antimicrobien, répondant ainsi aux enjeux de la démarche « One Health » et de la valorisation de la biomasse. Les réseaux moléculaires basés sur l'activité biologique (Bioactive Molecular Networking constituent une approche de pointe en métabolomique non ciblée basée sur la spectrométrie de masse haute résolution (HRMS). Elle permet de lier directement la présence de molécules dans un extrait complexe à leur effet biologique (ici, l'activité antimicrobienne), sans avoir à purifier chaque composé à l'aveugle.
Les molécules d'intérêt priorisées dans les réseaux sont purifiées par des méthodes de chromatographie orthogonales que sont la chromatographie de partage centrifuge (CPC), la chromatographie liquide haute pression à l'échelle préparative (HPLCprep), pour pouvoir déterminer leur structure par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN).
L'activité biologique des extraits bruts, des fractions enrichies et des molécules pures sera caractérisée par des tests microbiologiques in vitro (détermination des concentrations minimales inhibitrices et bactéricides) face à des souches pathogènes multirésistantes.

Le candidat recherché possède une formation en chimie des substances naturelles, avec une première expérience en déréplication à partir de données de spectrométrie de masse (MS/MS). Une expérience en traitement et analyse de données métabolomiques (MZmine, SIRIUS), purification de molécules, sera appréciée. Le(la) candidat(e) doit être autonome, organisé(e) et capable de présenter de façon écrite et orale les résultats de recherche de façon autonome et claire.