Post Doctorant H/F - CNRS

Description du Poste Les Missions Concevoir et conduire, en autonomie scientifique et en concertation avec le responsable d'équipe, des projets de recherche sur la contribution des éléments rétrotransposables à la régulation génique et aux changements d'état cellulaire, en intégrant données transcriptomiques et épigénomiques L'Activité - Formuler des hypothèses scientifiques, définir les stratégies d'analyse et interpréter les résultats dans leur contexte biologique.- Analyser des données de transcriptomique et d'accessibilité de la chromatine à l'échelle de la cellule ou du noyau unique (sc/snRNA-seq, sc/snATAC-seq, multiome).- Identifier les éléments rétrotransposables associés aux programmes cellulaires et caractériser leurs liens avec les gènes et réseaux de régulation.- Étudier les réponses aux changements de l'environnement cellulaire, notamment à l'hypoxie et à l'activation immunitaire, ainsi que les programmes de différenciation et de neurogenèse.- Contribuer au développement et à la validation des méthodes de quantification des rétroéléments, notamment RETROSCAPE, et intégrer des données publiques et internes.- Développer des analyses statistiques et des workflows reproductibles ; documenter les méthodes, les données et le code.- Définir avec les biologistes expérimentaux les validations pertinentes et intégrer leurs résultats aux analyses.- Rédiger les manuscrits, présenter les résultats et contribuer aux demandes de financement en lien avec ses projets. Votre Profil Compétences Connaissances- Doctorat en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle ou discipline apparentée.- Génomique fonctionnelle, régulation transcriptionnelle et épigénétique ; connaissance des éléments transposables.- Analyses unicellulaires et multiomiques, statistiques et plans d'analyse adaptés aux données biologiques.Savoir-faire- Maîtrise de R et/ou Python et de l'environnement Linux ; utilisation de ressources de calcul intensif.- Analyse et intégration de données RNA-seq et ATAC-seq ; prise en compte des biais techniques, de la variabilité biologique et des séquences répétées.- Développement de code documenté, gestion de versions (Git) et workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent).- Interprétation critique des résultats, rédaction d'articles et communication scientifique en anglais.Aptitudes- Autonomie scientifique, rigueur et capacité à proposer de nouvelles pistes de recherche.- Organisation, gestion des priorités et aptitude à mener un projet jusqu'à sa valorisation.- Travail en équipe, échanges avec les biologistes expérimentaux et transmission des connaissances Votre Environnement de Travail L'équipe RETROGEN, dirigée par Manvendra Singh à l'INEM, étudie le rôle des éléments rétrotransposables dans la régulation du génome, le développement et les maladies humaines. Elle associe génomique fonctionnelle, analyses unicellulaires et multiomiques et approches computationnelles, notamment dans les systèmes immunitaire et nerveux. Contraintes et risques Travail en horaires décalés Rémunération et avantages Rémunération 3 131 euros brut mensuel Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€ À propos de l'offre Référence de l'offre UMR8253-LEADID-006 Section(s) CN / Domaine de recherche Neurobiologie moléculaire et cellulaire, neurophysiologie À propos du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche