Ingénieur de Recherche Bio-Informaticien en Génomique Comparative H/F - Sorbonne Universite

Sorbonne Université est une université pluridisciplinaire de recherche créée au 1er janvier 2018 par regroupement des universités Paris-Sorbonne et UPMC.
Déployant ses formations auprès de 55 300 étudiants dont 4 400 doctorants et 10 200 étudiants étrangers, elle emploie 6 700 enseignants, enseignants-chercheurs et chercheurs et 4 900 personnels de bibliothèque, administratifs, technique, sociaux et de santé. Son budget est de 675 M?.Au sein de la plate-forme de bioinformatique et d'analyse ABiMS et en collaboration avec le consortium ANR Sexisol piloté au sein de l'UMR 7144 à Roscoff de la Faculté des Sciences et Ingénierie de Sorbonne Université :

Fonctions : Ingénieur-e de recherche bio-informaticien en génomique comparative
Catégorie : A
Corps : IGR
BAP : A
Emploi-type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données - A1A41

CDD de 18 mois.

Poste à pourvoir à compter du 1er septembre 2025.

Mission et positionnement dans l'organisation :

La Plateforme de bioinformatique ABIMS de la Station biologique de Roscoff, en collaboration avec l'équipe Diseem (Dispersion, spéciation et évolution des espèces marines) de l'unité de recherche UMR 7144, ouvre un contrat de 18 mois d'ingénieur de recherche en génomique comparative et évolutive.

L'absence d'attirance sexuelle entre populations distinctes est un puissant moteur de spéciation. L'ANR SEXISOL (porteur Thomas Broquet) vise à comprendre comment ces mécanismes d'isolement sexuel évoluent, en testant l'hypothèse selon laquelle la sélection sexuelle divergente en est à l'origine, et en explorant le rôle des chromosomes sexuels et des remaniements chromosomiques dans cette évolution.

Activités principales :
Le/la candidat-e aura pour objectif d'analyser des données de séquençage de génomes provenant d'un complexe de cinq isopodes marins (Jaera albifrons) qui serviront ensuite à l'étude des mécanismes de l'évolution de l'isolement sexuel dans ce groupe d'organismes au sein du consortium de l'ANR sexisol.

La personne recrutée sera chargée de l'assemblage au niveau haplotypique, ainsi que de l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes des quatre espèces européennes du complexe Jaera albifrons. Les données à traiter seront issues en particulier d'une stratégie de séquençage en trio qui se compose de données de type long-reads HiFi pour plusieurs individus barcodés individuellement et de données short-reads pour leurs parents, dans le but d'identifier et assembler séparément les haplotypes parentaux transmis par la mère et le père. Ces données seront obtenues pour plusieurs individus de plusieurs familles (trios) de 1 à 4 espèces différentes. Pour en faciliter l'assemblage, ces données seront éventuellement à combiner avec des cartes de liaison obtenues précédemment avec des marqueurs dd-RAD seq. La personne recrutée sera également amenée à prendre en charge des assemblages de transcriptomes individuels pour ce même groupe d'espèces.

Conduite de projets : Non
Encadrement : Non

Experience : Débutant accepté

Compétences : Connaissances théorique en génétique,Connaissances théorique en biologie moléculaire, Connaissances théorique en Génomique comparée, Interprétation et mise en forme des résultats, Maîtrise langages programmation : Bash, Python, R, Gitlab, Conda, cluster de calcul de type HPC, etc, Moteur de workflows, Analyse de données DNA-seq et RNA-seq., Très bon niveau d'anglais,Compétences en analyses phylogénétiques

Qualification : Employé qualifié

Secteur d'activité : Enseignement supérieur

Liste des qualités professionnelles :
Faire preuve d'autonomie : Capacité à prendre en charge son activité sans devoir être encadré de façon continue (le cas échéant, à solliciter les autres acteurs de l'entreprise).
Faire preuve de rigueur et de précision : Capacité à réaliser des tâches en suivant avec exactitude les règles, les procédures, les instructions qui ont été fournies, sans réaliser d'erreur et à transmettre clairement des informations. Se montrer ponctuel et respectueux des règles de savoir-vivre usuelles.
Faire preuve de curiosité : Capacité à aller chercher au-delà de ce qui est donné à voir, à s'ouvrir sur la nouveauté et à investiguer pour comprendre et agir de façon appropriée.