Stage Bio-Informatique H/F - Veolia

Le groupe Veolia a pour ambition de devenir l'entreprise de référence de la transformation écologique. Présent sur les cinq continents avec près de 220 000 salariés en 2022, le Groupe conçoit et déploie des solutions utiles et concrètes pour la gestion de l'eau, des déchets et de l'énergie qui participent à changer radicalement la donne. Au travers de ses trois activités complémentaires, Veolia contribue à développer l'accès aux ressources, à préserver les ressources disponibles et à les renouveler. En 2022, Veolia a servi 111 millions d'habitants en eau potable et 97 millions en assainissement, produit près de 44 tétrawattheures et valorisé 61 millions de tonnes de déchets.

La Direction des Expertises Scientifiques et Technologiques (DEST) regroupée dans l'entité Veolia Recherche & Innovation (VERI) se situe au coeur de la stratégie de Veolia pour aider le Groupe à devenir l'entreprise de référence de la transformation écologique. Les expertises scientifiques et technologiques sont un des moteurs de l'évolution du Groupe. DEST a pour mission de répondre aux besoins des entités opérationnelles et de promouvoir l'excellence scientifique et technologique au sein du Groupe.

Nous croisons les disciplines et les expertises pour contribuer au développement de solutions qui permettent de faciliter l'accès aux services essentiels et aux ressources naturelles, de préserver celles-ci et de les utiliser et de les recycler efficacement. Nous intégrons les propositions innovantes de nos partenaires scientifiques et techniques et les développons, nous expérimentons au plus près du terrain.Sujet de stage : Développement d'un outil bioinformatique de traitement de données de séquençage NGS nanopore visant l'étude métagénomique de l'antibiorésistance microbienne.

Missions

Vos principales missions seront les suivantes :

Au sein du Département des Expertises Scientifiques et Technologiques de Veolia, l'équipe Monitoring & Caractérisation contribue notamment à des projets transverses de développement de procédés biologiques innovants pour le traitement et la valorisation des déchets solides et des effluents liquides, ainsi qu'à des projets de maîtrise de la qualité de l'eau ou d'optimisation opérationnelle. L'activité du Pôle s'appuie sur des outils de Biotechnologies développés sur des matrices complexes (approches métaomiques, PCR quantitative, microscopie) qui permettent de déterminer la composition des communautés biologiques et de quantifier certaines de leurs fonctions et activités.

Sous la responsabilité d'un chercheur, vous intégrez une/des équipe(s) projet. Vous disposez de solides connaissances scientifiques et techniques en microbiologie et biologie moléculaire des communautés microbiennes, ainsi qu'en bio-informatique, et vous aurez à votre charge les missions suivantes:

- Porter un regard critique sur les travaux engagés.
- Construire un outil fonctionnel, entièrement maîtrisé et paramétrable pour le traitement de données de séquençage nanopore.
- Réaliser une étude comparative entre les résultats obtenus avec l'outil développé et ceux de solutions existantes.
- Présenter et expliciter les travaux réalisés.
- Rédaction d'un rapport

En formation Bac +5 (Master 2ème année, ou école ingénieur), ayant des bases solides en bioinformatique. Des connaissances en biologie moléculaire et en écologie microbienne seraient un atout majeur. De bonnes capacités rédactionnelles et relationnelles sont requises. Nous recherchons des personnes dynamiques, curieuses et rigoureuses.

Formation

Bac +5 (Master 2ème année, ou école ingénieur)

Compétences

Maîtrise des outils bioinformatiques appliqués à l'environnement et/ou aux biotechnologies.

Séquençage NGS et traitements de données associées.

Utilisation de base de données.

Langages : Bash, R, Python.

Qualités, savoir-être

- Capacités à travailler en équipe
- Excellente communication
- Dynamisme et autonomie indispensables
- Sens de l'innovation et curiosité
- Maîtrise du français et de l'anglais