Thèse Etude de l'Axe Intestin-Poumon en Modèle Murin Lors de la Cryptosporidiose H/F - Université de Tours

Établissement : Université de Tours
École doctorale : Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV
Laboratoire de recherche : ISP - Infectiologie et Santé publique
Direction de la thèse : Sonia LACROIX-LAMANDE ORCID 0000000278654587
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-22T23:59:59

L'intestin est essentiel à la santé globale : au-delà de la digestion, son microbiote participe à l'immunité et au métabolisme. La barrière intestinale protège l'organisme tout en dialoguant avec les organes distants. Son rôle est crucial dès les premiers stades de la vie, influençant la santé future.
La cryptosporidiose est une maladie intestinale provoquée par le parasite zoonotique Cryptosporidium. Elle représente un problème majeur en début de vie et est problématique chez les enfants de moins de 5 ans et chez les veaux naissants.
Le projet de thèse vise à déterminer si une infection intestinale en début de vie par Cryptosporidium fragilise la santé pulmonaire via un axe de communication intestin-poumon. Réalisé en modèle murin, ce projet de thèse permettra de vérifier expérimentalement la mise en place de l'axe de communication entre l'intestin et le poumon en début de vie et de décrire les médiateurs de cette communication ainsi que leurs conséquences.

L'intestin joue un rôle central non seulement dans la digestion et l'absorption des nutriments mais aussi comme barrière immunitaire et interface majeure entre l'organisme et l'environnement. L'intestin et le microbiote, qui vit en symbiose avec celui-ci, dialoguent avec les autres organes par des « axes de communication » qui permettent la régulation du fonctionnement et de la santé de ces derniers. Parmi les axes de communication les mieux décrits, l'étude de l'axe intestin-poumon a révélé que des infections et des troubles inflammatoires ou métaboliques chroniques peuvent entraîner une profonde modification de la composition du microbiote intestinal et de sa fonction influençant l'évolution des maladies respiratoires [1, 2].
L'axe intestin-poumon repose sur une communication complexe mettant en jeu des métabolites microbiens, la perméabilité intestinale et la modulation immunitaire systémique. Les métabolites bactériens produits par la fermentation des fibres alimentaires par le microbiote intestinal que sont les acides gras à chaîne courte (SCFAs), tels que l'acétate, le propionate et le butyrate représentent des médiateurs centraux. Diffusant dans la circulation sanguine, ils exercent des effets immunomodulateurs systémiques : induction des lymphocytes T régulateurs (Treg), modulation de l'équilibre Th17/Treg et réduction de l'inflammation pulmonaire. Les réponses inflammatoires intestinales génèrent un ensemble de cytokines pro- ou anti-inflammatoires qui sont également susceptibles d'agir à distance comme sur le tissu pulmonaire [3].
Dès les phases prénatales et néonatales, la structure, la fonction et la composition microbienne de l'intestin évoluent rapidement, façonnant la maturation du système immunitaire. Ces interactions précoces sont critiques pour la santé à long terme [4]. Chez l'Homme, des perturbations du microbiote, de la barrière intestinale ou de la maturation immunitaire au cours des premières années de vie sont associées à un risque accru de maladies chroniques telles que les allergies, l'asthme, les maladies inflammatoires de l'intestin, l'obésité etc.... [5]. Chez les bovins, les veaux souffrant de problèmes intestinaux au début de leur vie sont plus sensibles aux infections pulmonaires par la suite [6].
Les diarrhées néonatales sont principalement d'origine infectieuse suite à une contamination par des virus (Rotavirus et Coronavirus), des bactéries (E. coli et Salmonella) et des parasites (Cryptosporidium) et les atteintes respiratoires sont principalement provoquées par des virus tels que le BRSV (virus respiratoire syncytial bovin) et le PI3 (para-influenza 3). Les diarrhées à Cryptosporidium sont les plus fréquentes dans les élevages bovins puisqu'avant l'année 2024 seule la vaccination contre les autres pathogènes responsables de diarrhées était disponible. Ce parasite perturbe l'intégrité de la barrière épithéliale intestinale en modulant l'expression des jonctions adhérentes et des protéines des jonctions serrées, ce qui entraîne une augmentation de la perméabilité de la barrière intestinale [7, 8]. Par ailleurs, les infections à Cryptosporidium affectent la composition du microbiote intestinal et entraînent une dysbiose intestinale [9]. Une réponse immunitaire intestinale impliquant l'IFN- et les cellules ILC1 et dendritiques est également induite localement et participe au contrôle de la phase aigüe de l'infection alors que les lymphocytes T CD4+ jouent eux un rôle majeur pour la réponse immunitaire spécifique [10]. Ainsi, l'infection par Cryptosporidium parvum (C. parvum) est responsable de perturbations intestinales sévères mais les conséquences de celles-ci à long-terme et à distance n'ont jamais été décrites à ce jour et seules des associations de phénotypes sont rapportées.

Le projet de thèse vise à décrire et comprendre comment l'intestin interagit avec le poumon lorsqu'il est exposé à une infection par le parasite Cryptosporidium en tout début de vie grâce au modèle murin d'infection néonatale par C. parvum pour lequel l'équipe d'accueil possède une expertise reconnue .

Toutes les méthodes et outils qui seront utilisés au cours de la thèse sont déjà disponibles dans l'équipe d'accueil ou les collaborations nécessaires sont déjà établies. Ce projet de thèse est basé sur des infections expérimentales de souriceaux nouveau-nés par Cryptosporidium qui seront réalisées à la PFIE (UE INRAE). Les échantillons seront analysés du point de vue immunologique par cytométrie en flux (cytomètre BD Fortessa), par ELISA et par histologie dans le laboratoire d'imagerie en infectiologie (IMI) de l'UMR-ISP. Pour les analyses transcriptomiques, l'unité possède plusieurs appareils de PCR en temps réel ainsi qu'un appareil Fluidigm BiomarkTM pour des analyses moyens débit. Les analyses de métabolites sanguins seront sous-traitées et celles de différents paramètres biochimiques seront réalisées à l'aide de l'analyseur MScan-e (PFIE-Collaboration avec M. Riou). Les études du compartiment pulmonaire seront réalisées en collaboration étroite avec Delphyne Descamps (UMR VIM-Jouy en Josas) pour son expertise des infections respiratoires à RSV et pour la réalisation des explants de poumons grâce à l'appareil Krumdieck tissue slicer disponible dans l'UMR-ISP et également

Le candidat ou la candidate recherché(e) devra être titulaire d'un Master 2 en biologie, avec de solides connaissances en infectiologie et en immunologie. Une expérience pratique en cytométrie en flux, en expérimentation animale ainsi qu'en analyses de données est attendue. Le profil idéal démontre une grande rigueur scientifique, une capacité d'organisation et d'autonomie dans la conduite de projets expérimentaux. Une aptitude à travailler en équipe est essentielle, avec un goût pour les échanges scientifiques et le partage d'expériences au sein du collectif. De bonnes compétences en communication, à l'oral comme à l'écrit, sont également requises afin de valoriser les résultats et d'interagir efficacement avec les partenaires du projet.