Thèse Contributions des Microbiotes dans l'Apparition de Pathologies de la Prématurité H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Clermont Auvergne
École doctorale : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement
Laboratoire de recherche : MEDIS - Microbiologie Environnement Digestif Santé
Direction de la thèse : PIERRE PEYRET ORCID 000000331140586
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-06-19T23:59:59

Les microbiotes associés au corps humain se mettent en place progressivement à partir de la naissance, avec une forte dynamique durant la période des 1000 premiers jours de vie. Les périodes « d'opportunités » d'acquisition des microbiotes et d'apprentissage du système immunitaire vont conditionner le bien-être et la santé tout au long de la vie. La complexité des microbiotes rend souvent difficile l'établissement de liens directs de cause à effet de l'apparition de différentes pathologies lors de dysbiose ou de perturbation du dialogue mère-enfant et enfant-environnement. L'entérocolite ulcéro-nécrosante (ECUN) est une complication digestive des nouveau-nés prématurés qui survient de manière imprévisible avec une progression fulgurante. L'ECUN a des graves conséquences, avec une mortalité entre 15 et 40% et une morbidité digestive et neurodéveloppementale à moyen et long terme. Le microbiote intestinal pourrait jouer un rôle majeur. L'objectif de la thèse est d'évaluer la contribution des microbiotes dans des pathologies de la prématurité, pour une meilleure compréhension de la pathophysiologie de ces maladies. Les échantillons qui seront analysés par des approches de métagénomique proviennent de cohortes mère-enfant constituée en collaboration avec les cliniciens des services du CHU de Clermont-Fd.
Chakoory O, Barra V, Rochette E, Blanchon L, Sapin V, Merlin E, Pons M, Gallot D, Comtet-Marre S, Peyret P. 2024. DeepMPTB: a vaginal microbiome-based deep neural network as artificial intelligence strategy for efficient preterm birth prediction. Biomark Res 12:25.

Les microbiotes associés au corps humain se mettent en place progressivement à partir de la naissance, avec une forte dynamique durant la période des 1000 premiers jours de vie. Les périodes « d'opportunités » d'acquisition des microbiotes et d'apprentissage du système immunitaire vont conditionner le bien-être et la santé tout au long de la vie. La complexité des microbiotes rend souvent difficile l'établissement de liens directs de cause à effet de l'apparition de différentes pathologies lors de dysbiose ou de perturbation du dialogue mère-enfant et enfant-environnement. L'entérocolite ulcéro-nécrosante (ECUN) est une complication digestive des nouveau-nés prématurés qui survient de manière imprévisible avec une progression fulgurante. L'ECUN a des graves conséquences, avec une mortalité entre 15 et 40% et une morbidité digestive et neurodéveloppementale à moyen et long terme. Le microbiote intestinal pourrait jouer un rôle majeur. L'objectif de la thèse est d'évaluer la contribution des microbiotes dans des pathologies de la prématurité, pour une meilleure compréhension de la pathophysiologie de ces maladies. Les échantillons qui seront analysés par des approches de métagénomique proviennent de cohortes mère-enfant constituée en collaboration avec les cliniciens des services du CHU de Clermont-Fd.

Caractériser le rôles des microbiotes (vaginaux et fécaux) dans les pathologies de la prématurité.

Etude de cohorte au travers de prélèvements d'échantillons métagénomique.
Analyse de microbiotes.

Microbiologie
Caractérisation des microbiotes
Analyse des Microbiotes
Bioinformatique