Postdoctorant Projet Innovant - Bio-Informatique H/F - Université Paris-Saclay

MissionDans le cadre de l'action A2-LINE « Accompagnement et Accélération de L'Innovation Emergente » co-financée par la Région Ile-de-France dans le cadre du FEDER et portée par la SATT Paris-Saclay, l'Institut Polytechnique de Paris, et l'Université Paris-Saclay, le laboratoire UMR1173 Infection et Inflammation Équipe IRIS a obtenu un financement pour développer le potentiel d'application de ses résultats de recherche dans le cadre du projet De la stratification clinique à l'immunoprofilage dans la spondyloarthrite axiale : caractérisation multiparamétrique des lymphocytes T CD4 CCR6CXCR3.Le LaboratoireL'UMR INSERM 1173 « Infection et Inflammation » (2I) est une unité mixte de recherche de l'Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ/Université Paris-Saclay) et de l'INSERM, implantée au sein de l'UFR Simone Veil santé à Montigny-le-Bretonneux. Ses travaux visent à comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans les réponses inflammatoires et infectieuses, en développant une approche translationnelle allant des modèles expérimentaux jusqu'aux études cliniques chez l'Homme.
Missionetpositionnementdel'agent.e:Le projet global se déroule selon une progression structurée en plusieurs phases. Dans un premier temps, les 3 premiers mois seront consacrés à l'analyse des données de cytométrie spectrale déjà acquises. Cette phase permettra d'obtenir une première caractérisation phénotypique détaillée. Au cours de la période suivante, entre M3 et M6, le candidat réalisera les étapes de contrôle qualité et de prétraitement des données permettant les analyses des données séquençage sur cellule unique des ARN et du TCR ainsi que analyses fonctionnelles protéiques de manière indépendantes. Enfin dans le dernier temps entre M6 et M12, les comparaisons entre endotypes seront menées avec une intégration multi-omique permettant d'identifier des signatures discriminantes, suivie d'un travail de simplification en vue de la transposition clinique. Les principaux jalons du projet sont l'obtention d'un jeu de données complet en cytométrie, la disponibilité des données multi-omiques intégrées, l'identification de signatures biologiques robustes et la définition d'une signature candidate transposable en pratique.

Connaissance,savoir:La personne recrutée devra maîtriser les outils d'analyse de séquençage et une bonne maîtrise des langages de programmation R et Python. Des compétences en statistiques avancées sont essentielles pour la modélisation des données et la prise en compte de la variabilité biologique. La capacité à gérer des jeux de données volumineux et complexes, ainsi qu'à produire des visualisations claires et interprétables, est également attendue. Une expérience dans des projets interdisciplinaires impliquant des interactions entre cliniciens et biologistes constituera un atout important.Savoir-faire:Maîtriser les outils d'analyse bioinformatique de séquençage et des langages de programmation R et PythonSavoir-être:Courtoiset respectueux