Chercheur Postdoctoral en Microbiologie - Biochimie H/F - CNRS

Ce contrat s'inscrit dans le cadre d'un projet financé par l'Agence Nationale pour la Recherche (ANR) ayant pour objet l'étude du rôle des protéines ABC-F dans le processus de traduction chez la bactérie E. coli. Le/la post-doctorant·e recruté·e fera partie de l'équipe «Physiologie et régulation de la synthèse protéique» dirigée par Grégory Boël à l'Institut de biologie physico-chimique (IBPC) et sera en étroite collaboration avec l'équipe d'Axel Innis (université de Bordeaux, ARNA INSERM U1212). Ce projet consiste à comprendre les fonctions physiologiques et les mécanismes d'action sur le ribosome des 4 protéines de la famille ABC-F chez E. coli (EttA, YbiT, YheS et Uup).
Activités
Il y a quelques années, nous avons identifié que les membres de la famille des protéines ABC F agissaient comme des facteurs de traduction et qu'ils étaient présents de manière ubiquitaire chez les procaryotes et les eucaryotes (Boel, et al. NSMB 2014, Chen, Boel et al. NSMB 2014). De multiples occurrences d'ABC F sont souvent trouvées dans un génome, ce qui suggère des fonctions différentes pour chaque paralogue (Fostier et al. FEMS Letters 2021).

Récemment, nous avons montré que la protéine ABC F EttA ciblait la traduction d'ARNm spécifiques. Certains de ces ARNm codent pour des enzymes de la voie du shunt glyoxylate du cycle de Krebs. De plus, l'identification de cibles spécifiques d'EttA a révélé une signature peptidique : la présence de résidus chargés négativement dans la région codante initiale (Ousalem et al., Nat. Comm. 2024).

Sur la base de cette découverte, nous avons élaboré le projet RiboStallRescue en collaboration avec l'équipe d'Axel Innis (Université de Bordeaux). Ce projet vise à identifier les blocages ribosomiques dépendants du contexte (Context-Dependent Ribosomal Stalling, CDRS) qui sont résolus par chacune des protéines ABC F d'E. coli, et à élucider la spécificité de chaque ABC F. Pour obtenir une compréhension complète et limiter les risques, nous proposons une approche en deux volets combinant des méthodes globales in vivo et in vitro. Les méthodes in vivo ont pour objectif d'établir les fonctions physiologiques de chaque protéine ABC F, tandis que les expériences in vitro, conduite dans l'équipe du Dr. Innis permettront non seulement de confirmer ces résultats mais aussi de mettre au jour des CDRS supplémentaires non détectables in vivo.

La vérification des séquences identifiées in vivo sera ensuite effectuée in vitro afin de préciser le rôle direct de chaque ABC F dans la traduction et d'en élucider les mécanismes d'action. Inversement, les séquences CDRS identifiées in vitro seront validées in vivo. Enfin, les complexes ribosomiques bloqués sur ces CDRS identifiés, en présence ou en l'absence des protéines ABC F, seront soit reconstitués in vitro, soit purifiés à partir de cellules, et leurs structures seront déterminées par cryo microscopie électronique (cryo EM) dans l'équipe du Dr. Innis.
Compétences
Nous recherchons une personne curieuse et hautement motivée, titulaire d'un doctorat en microbiologie et disposant d'une expertise démontrée en culture et génétique bactériennes ainsi que d'une solide expérience du travail sur les ARN. La personne devra être à l'aise avec les techniques de biologie moléculaire (clonage, mutagénèse, etc.) et familière avec la préparation et l'analyse d'échantillons d'ARN par séquençage haut débit (mRNA seq et/ou ribo seq). Une expérience en purification de protéines et en analyses de type Northern blot et Western blot serait un plus. Des connaissances solides en synthèse protéique et en biochimie de l'ARN sont requises.

La personne recrutée devra faire preuve d'autonomie, de rigueur et de bonnes capacités d'organisation dans la conduite de ses expériences. Le travail en équipe et la capacité à présenter ses travaux à l'oral comme à l'écrit sont également des critères essentiels. Enfin, une bonne maîtrise de l'anglais parlé et écrit est nécessaire.

Les candidats sont invités à soumettre leur CV avec la liste complète de leurs publications, une lettre de motivation ainsi que trois références pouvant être contactées, sur le site Emploi du CNRS.
Contexte de travail

La personne recrutée effectuera ses travaux de recherche au sein de l'équipe de G. Boël dans l'unité « Expression Génétique Microbienne » (UMR8261) à l'IBPC. L'IBPC est un institut multidisciplinaire du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) situé dans le centre de Paris sur le campus Pierre et Marie (Paris 5ème). L'institut possède notamment une plateforme de protéomique et une plateforme de bioinformatique qui seront sollicitées pour ce projet. L'unité EGM emploie 35 personnes regroupées en 5 équipes axées sur l'étude de l'ARN et le contrôle de l'expression des gènes. L'équipe de G. Boël s'intéresse au processus traduction chez les bactéries au travers de 2 aspects : (1) la caractérisation des facteurs de traduction de la famille ABC-F et (2) l'identification de déterminants (motifs/structures) sur l'ARNm qui affectent sa stabilité et sa traductabilité. L'équipe est composée de 3 personnels permanents : un directeur de recherche CNRS, un ingénieur CNRS et une maîtresse de conférences Université Paris Cité ainsi qu'un chercheur post-doctorante. A cela s'ajoute des étudiant·e·s en Master (M1 et M2) qui sont régulièrement recruté·e·s sur les différents projets de l'équipe.
La personne recrutée effectuera ses travaux de recherche au sein de l'équipe de G. Boël dans l'unité « Expression Génétique Microbienne » (UMR8261) à l'IBPC. L'IBPC est un institut multidisciplinaire du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) situé dans le centre de Paris sur le campus Pierre et Marie (Paris 5ème). L'institut possède notamment une plateforme de protéomique et une plateforme de bioinformatique qui seront sollicitées pour ce projet. L'unité EGM emploie 35 personnes regroupées en 5 équipes axées sur l'étude de l'ARN et le contrôle de l'expression des gènes. L'équipe de G. Boël s'intéresse au processus traduction chez les bactéries au travers de 2 aspects : (1) la caractérisation des facteurs de traduction de la famille ABC-F et (2) l'identification de déterminants (motifs/structures) sur l'ARNm qui affectent sa stabilité et sa traductabilité. L'équipe est composée de 3 personnels permanents : un directeur de recherche CNRS, un ingénieur CNRS et une maîtresse de conférences Université Paris Cité ainsi qu'un chercheur post-doctorante. A cela s'ajoute des étudiant·e·s en Master (M1 et M2) qui sont régulièrement recruté·e·s sur les différents projets de l'équipe.
Contraintes et risques

Il est possible que ce projet de recherche implique l'utilisation de radio-isotopes.
Il est possible que ce projet de recherche implique l'utilisation de radio-isotopes.