Thèse Rôle du Facteur de Virulence Ibea dans l'Invasivité et la Survie Intracellulaire des Escherichia Coli Adhérents Invasifs Aiec Agents Pathogènes dans la Maladie de Crohn H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier
École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé
Laboratoire de recherche : LPHI - Laboratory of Pathogens and Host Immunity
Direction de la thèse : Laure YATIME ORCID 0000000236508012
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59

La maladie de Crohn (MC) est une maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI) qui constitue un véritable problème de santé publique puisqu'elle est en incidence croissante et qu'aucun traitement curatif n'est disponible à ce jour. Cette maladie touche des individus prédisposés génétiquement pour lesquels la réponse immunitaire aux pathogènes intestinaux est exagérée, dans un contexte où le microbiote intestinal est lui-même dysbiotique. Cette dysbiose se traduit par une diminution drastique de certaines espèces commensales, nécessaires au maintien de l'homéostasie intestinale, au profit de pathobiontes au caractère invasif exacerbé qui affectent l'épithélium intestinal par des attaques répétées et échappent au système immunitaire grâce à leur internalisation dans les cellules hôtes.Cette colonisation entraîne une inflammation massive et incontrôlée qui provoque des lésions tissulaires perpétuant le phénomène inflammatoire caractéristique de la maladie.

Parmi les espèces pathogènes impliquées, les Escherichia coli adhérents invasifs (AIEC) sont retrouvés fréquemment dans la flore intestinale des personnes atteintes de MC et ils participent activement à la pathogénèse de cette maladie. Ces bactéries sont considérées comme une cible thérapeutique prometteuse pour développer des traitements curatifs contre la MC. Cependant, du fait de la tolérance aux antibiotiques observée chez les AIEC, des stratégies de ciblage plus raffinées doivent être envisagées, dirigées notamment contre des facteurs de virulence non essentiels.

Récemment, un facteur important pour l'invasion des épithéliocytes intestinaux ainsi que pour la survie et la réplication intramacrophagiques a été identifié chez les AIEC, la protéine IbeA. Initialement découverte chez les NMEC responsables de la méningite néonatale, IbeA a longtemps été décrite comme une protéine associée à la membrane bactérienne et interagissant avec des récepteurs de surface des cellules hôtes pour faciliter leur invasion. Nos récents travaux ont conduit à une remise en cause profonde de ce postulat puisque nous avons démontré qu'IbeA était une flavoprotéine soluble homologue aux oxydoréductases FAD-dépendantes, et que son importance pour l'invasion et la survie intramacrophagique était plutôt liée à une capacité de résistance au stress oxydant à l'intérieur des cellules phagocytaires de l'hôte.

Dans ce contexte, le projet de thèse proposé a pour but de caractériser plus en avant la fonction biologique d'IbeA et d'identifier les mécanismes rédox qu'elle coordonne pour permettre la survie des bactéries dans les macrophages, i.e. dans des conditions de stress oxydant accrues.

Ce projet s'articulera autour de 4 axes de recherche complémentaires:

1) Étude in vitro de l'impact de la délétion d'IbeA sur la résistance au stress oxydant des AIEC;

2) Modèles in cellulo d'infection de macrophages par des AIEC WT ou KO pour étudier l'impact d'IbeA sur les processus d'invasion et de survie;

3) Recherche de partenaires d'interaction d'IbeA pour identifier les réseaux protéiques lui permettant d'assurer sa fonction biologique;

4) Utilisation d'un modèle in vivo d'infection aux AIEC chez le zebrafish (déjà développé au laboratoire) pour étudier la réponse immunitaire/inflammatoire aux AIEC et les processus rédox IbeA-dépendants mis en jeu

Maladie de Crohn / Inflammation intestinale
Virulence Bactérienne et mécanismes de survie intracellulaire
Interactions hôte-pathogènes
Mécanismes de résistance au stress oxydant

Microbiologie (croissance bactérienne, comptages CFU)
Biologie cellulaire et génétique bactérienne (KO de gènes bactériens, tests antimicrobiens, tests d'invasion en cellules eucaryotes)
Biologie moléculaire et biochimie (clonage, expression et purification de protéines recombinantes, mesures d'interaction protéine-protéineet protéine-ligand)
Modélisation in vivo chez le poisson-zèbre (génération de modèles d'infection, transgenèse, microscopie confocale à fluorescence)

Master ou diplôme reconnu équivalent Bac +5
Etudiant français ou étranger
Formation en sciences biologiques ou chimiques - les bases générales en biologie moléculaire, biochimie et immunologie doivent être maîtrisées
Maîtrise de l'anglais courant pour pouvoir lire et comprendre les publications et assister aux conférences
Etudiant dynamique, motivé, travailleur et organisé; capacité à gérer plusieurs tâches en parallèle